生理学学習メモ(1)


生理学で学んだことをメモしてみました。

収縮期と拡張期


収縮期、拡張期の基準は左心室である。収縮期には大動脈弁が開いて血圧が高くなっている状態で拡張期は大動脈弁が閉じて血圧が低くなっている状態なので左が収縮期、右が拡張期である

全身の循環系


全身に送る体循環の方がより高い圧を必要とするため左心室の方が高圧系になる

胸腔内圧


胸腔内圧は胸膜腔の圧力であり、横隔膜と胸膜によってこの圧力を変えることで肺への空気の出し入れを実現している。肺胸腔内圧は常に陰圧である。

浸透圧

濃度の高い方から低い方へ水分子が移動すること。

血漿浸透圧の計算方法

\begin{equation}
p = Na \times 1.86 + \frac{BS}{18} + \frac{BUN}{2.8}
\end{equation}

例題1

1[L]に?gの食塩水を入れると等張液か?
NaCl:58.44
\begin{align*}
&290({\rm mOsm}) = Na({\rm mEq}) \times 1.86 \\
&Na({\rm mEq}) = 156({\rm mOsm})
\end{align*}
Naをw(g)入れたら156(mOsm)
\begin{align*}
&w \times \frac{1000}{58.44} = 156 \\
& w = 9.12({\rm g})
\end{align*}
1L中に9(g)なので0.9%

例題2

1[L]に?gのグルコースを入れると等張液か?

\begin{align*}
&290({\rm mOsm}) = \frac{BS}{18}
&BS = 290 \times 18
&BS = 5220({\rm mg/dl})
\end{align*}
1Lの水にグルコースをw(g)入れたら5220({\rm mg/dl})
というのは1dLの水にグルコースを\(w\times10^{2}\)(mg)入れたら5220(mg/dl)
\begin{align*}
&5220 = w \times 10^2
&w \times \frac{5220}{100} = 52.2 \\
& w = 52.2({\rm g})
\end{align*}
1L中に52.2(g)なので5.2%

フィードバック

時間軸と反応の強さが重要らしい

ホルモン調節

自律神経

体温調節

上がる要因:血管収縮、立毛筋収縮、アドレナリン放出、震え
下がる要因:血管拡張、発汗

ホメオスターシス、フィードバック

緩衝系

重炭酸緩衝系は60%で最も比重が大きい
他にはリン酸緩衝系:5% ヘモグロビン緩衝系は30% たんぱく質緩衝系は5%である。

phの調整機構

呼吸性と代謝性がある。
*呼吸性
呼吸不全→炭酸ガス過剰→呼吸性アシドーシス

*代謝性
腎臓が関係する
腎不全で不揮発性酸などを放出できなくなると代謝生アシドーシスになる

代償

*代謝性pH異常の時
代謝性アシドーシス→呼吸性アルカローシス
代謝性アルカローシス→呼吸性アシドーシス
*呼吸性pH異常の時
呼吸性アシドーシス→代謝性アルカローシス
呼吸性アルカローシス→代謝性アシドーシス

どちらが起こりやすいか
呼吸性の代償は秒から分単位で起こる
代謝性の代償はゆっくり起こる

細胞膜やイオンチャネル、受容体など

細胞膜

細胞膜は物質の通過を遮断している。細胞膜上にあるイオンチャネルは特定のイオンを通過させるものであり、受容体は
リガンド依存性チャネル..
Gタンパク質共役型受容体 タンパク質をリン酸化する
触媒受容体
細胞内受容体
がある

受容体について

レニンーアンジオテンシンーアルドステロン系
*腎の尿細管のホルモン受容体
AQP(アクアポリン)にはADH依存性と非依存性がある
ADHが作用すると水チャネルが増加し、尿細管内に水がより多く流れるようになる。

受動輸送と能動輸送

受動輸送

濃度勾配に従って物質が移動
担体を用いた物質の輸送:輸送量が頭打ちになる

能動輸送

濃度勾配に逆らって物質が移動
1次性能動輸送 ATPを直接使う
2次性能動輸送 \(Na^{+}\)の勾配を利用。\(Na^{+}、H^{+}\)交換
3次性能動輸送  \(H^{+}\)の勾配を利用。
1次性能動輸送がダメになると2次3次もダメになる

グルコース輸送系

swift学習記録(1)

swiftとobjective-c(C言語)の違いを踏まえながら、記法について学んでいくための備忘録です。

データ表現

まず数字の表現からです。C言語では定数はconstをつけて表していました。swiftでは変数にはvar,定数にはletをつけて表します。

var test1 = 10 //varは定数
let test2 = 40 //letは定数

この表現は数字に限らず、文字列に関しても同じです。Objective-CではNSStringを使っていましたがだいぶ簡略されました。

var test1 = "hello"

文字列に変数の数字を結合することも簡単になっています。

//objective-c
int num1 = 3;
NSString *str = [NSString stringWithFormat:@"I have %d apples",num1);
//swift
let num1 = 3
let str = "I have \(num1) apples" //文字列の連結
print(str)

配列と辞書

配列や辞書にもvarやletを用いることができます。

//objective-c
NSArray *array = [@"a",@"b",@"c",@"d"] //配列
NSDictionary *occupations = [@"Haru":@"Spring", //辞書
                    @"Natsu":@"Summer",]
//swift
let array = ["a","b","c","d"] //配列
var occupations = ["Haru":"Spring", //辞書
                    "Natsu":"Summer",]

関数

func greet(person: String, day: String) -> String {
    return "Hello \(person), today is \(day)."
}

オプショナル

一般には変数にnilを代入することはできません。?や!をつけるとオプショナル型となってnilを許容することができます。

//optionalについて
var optionalString :String? = nil //エラーが出る
var optionalString :String? = "Hello"
var optionalString :String? = nil //エラーが出ない

アンラップ

オプショナル変数を用いる時にはアンラップする必要があります。?で宣言したものは変数の後に!をつけることで強制アンラップが、?を付けることでOptional Chaining(nilが入った処理はスキップ)ができます。また、Optional Binding(if文の組み合わせて変数のnilチェックを行う)方法もあります
!で宣言したものは修飾しなくても自動的に強制アンラップされます。

var optionalString :String? = nil
print(optionalString.lowercased()) //強制アンラップ(エラーが出る)

var optionalString :String? = "test" 
print((optionalString?.lowercased())!) //Optional Chaining(nilが入っている時のメソッド呼び出し後の帰り値はnilになる。この場合はその後に強制アンラップしているのでエラーとなる

let string: String? = "hello world"

if let bindString = string {    // Optional Binding
    bindString = bindString.uppercaseString
}

let a : Int? = nil
let b = a ?? 0 // bには0が代入される //nil coalescing operator

var optionalString :String! = nil
print(optionalString.lowercased()) //(エラーが出る)

数値計算(2) ルンゲクッタ法


オイラー法は一次近似を用いたものであったが、一次近似では計算量に対する誤差の値が大きすぎるため、より精度の高いアルゴリズムが求められる。
一般的によく用いられる方法は4次のルンゲクッタ法(RK4)だが、ここでは一段階簡明な2次のルンゲクッタ法(RK2)を考察してみよう。RK2がわかればRK4はその応用なので、計算はややこしいものの仕組みは理解できるはずである。
前回と同じように以下の微分方程式について考察しよう
\begin{equation}
\frac{dy}{dx}= f(x,y)
\end{equation}

まずオイラー法では一ステップの計算誤差のオーダーは\(o(x^2)\)であった。
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h y'(x_0) + o(x^2)
\]
更にオーダーを微小にするにはテーラー展開を2次の項まで計算すればよい。
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h y'(x_0) + \frac{1}{2} h^2 y”(x_0) + o(x^3)
\]
さて、オイラー法では\(y'(x) = f(x,y)\)を代入して
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h \cdot f(x_0,y_0) + o(x^2)
\]
とするだけで良かったが、RK2では
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h f(x_0,y_0) + \frac{1}{2} h^2 f'(x_0,y_0) + o(x^3) \tag{1}
\]
としたあと、\(f'(x_0,y_0)\)を処理しなければならない
ここで\(f(x,y)=y\)と仮定してみると\(f'(x,y)=\frac{dy}{dx} =f(x,y) = y\)であるから

\begin{align*}
&y(x_{n+1}) = y(x_n) + h f(x_n,y_n) + \frac{1}{2} h^2 f'(x_n,y_n) \\
&= y(x_n) + h y_n+ \frac{1}{2} h^2 y_n \tag{2}
\end{align*}

このように導関数があらかじめわかっているなら漸化式を容易に導出することができた。
しかし、任意の\(f(x,y)\)に対する導関数を求めて漸化式を導出することは難しい。そこで、別のアプローチを取ることになる。
まず関数\(f(x,y)\)の\(x,y\)についての全微分は以下のようになる
\[
df = \frac{\partial f}{\partial x} dx + \frac{\partial f}{\partial y} dy \tag{3}
\]
(3)の両辺を\(dx\)で割ると
\begin{align*}
f'(x,y) = \frac{df}{dx} = \frac{\partial f}{\partial x} + \frac{\partial f}{\partial y} \cdot \frac{dy}{dx} = f_x + f_y \cdot f
\end{align*}

となり、これを(1)に代入すると
\begin{align*}
&y(x_0+h) = y(x_0) + h f(x_0,y_0) \\
&+ \frac{1}{2} h^2 (f_x(x_0,y_0) + f_y(x_0,y_0) \cdot f(x_0,y_0)) +o(x^3) \tag{4}
\end{align*}
となる。
\(f_x(x_0,y_0),f_y(x_0,y_0)\)は\(f(x_0,y_0)\)の近傍で多変数のテーラー展開を行うことで生成される近似式に含まれる。
そこで\(k_1 = f(x_0,y_0)\), \(k_2 = f(x_0+ah,y_0+b h k_1)\)とおき、\(k_2\)を\(f(x_0,y_0)\)の近傍でテーラー展開してみよう。
\[ \begin{align*}
k_2 &= f(x_0+ah,y_0+b h k_1) \\
&= f(x_0,y_0) + ahf_x(x_0,y_0) +bh k_1 f_y(x_0,y_0) + o(h^2)
\end{align*}\]
ここで\(k_1\)と\(k_2\)に重み\(w_1\),\(w_2\)をかけた線形和\(\phi =w_1 k_1 + w_2 k_2\)をとる。
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h \phi
\]
この式を展開すると以下のようになり、(4)と恒等であることがわかる。
\begin{align*}
&y(x_0+h) = y(x_0) + h(w_1+w_2)f(x_0,y_0) \\
&+h^2 w_2\bigl( a f_x(x_0,y_0)+ b f_y(x_0,y_0) \cdot f(x_0,y_0)\bigr) + o(h^3) \tag{5}
\end{align*}
(4)、(5)の係数を比較することで\(w_1 +w_2 = 1\)、\(w_2a = w_2b = 0.5\)が導かれ、
\(w_1,w_2,a,b\)の値を上式に適合する範囲内で任意に決定することができる。ここでは
\(w_1 =0, w_2 = 1, a = \frac{1}{2},b = \frac{1}{2}\)とする。(別名:修正オイラー法)
決定した係数を当てはめると以下のようになる。
\[
y(x_0+h) = y(x_0) + h f\bigl(x_0 +\frac{1}{2} h,y_0+\frac{1}{2}h f(x_0,y_0)\bigr)\tag{6} \\
\]
さて、ここまでがRK2の説明である。ここからはRK2を実際に用いて計算をさせてみよう。前回は\(f(x,y) = y\)
という式を用いたが、精度が向上したことを確かめる意味でも同じ式を採用しよう。
(6),(7)より
\begin{align*}
&y(x_{n+1}) = y(x_n) + h f\bigl(x_n +\frac{1}{2} h,y_n+\frac{1}{2}h f(x_n,y_n)\bigr) \\
&= y(x_n) + h\cdot \bigl(y_n + \frac{1}{2}h f(x_n,y_n)\bigr) \\
&= y(x_n) + hy(x_n)+ \frac{1}{2} h^2 y(x_n) \tag{8}
\end{align*}
式(8)は先ほど求めた式(2)と同じものである。
これを用いてh=0.01の刻み幅で\(y(10) = e^{10}\)を求めたところ以下のようになった。
\(e^{10} = 22026.465795\)
オイラー法 \(y(10)=20959.155638\) 誤差\(e = 1067.310157\)
RK2 \(y(10)=22022.822441\) 誤差\(e= 3.643353\)
このことから同一ステップ数でもかなり誤差が小さくなっていることがわかる。
4次のルンゲクッタ法は証明が更に難解になるが、計算に用いること自体は容易なので、微分方程式の計算をするときにはそちらを使うのが望ましいだろう。
ちなみに4次のルンゲクッタ法を用いた時の\(y(10) = e^{10}\)の値は以下のようになる。
RK4 \(y(10)=22026.465777\) 誤差 \(e =0.000018\)

#include <stdio.h>
#include <math.h>
int main(int argc, const char * argv[]) {
    // insert code here...
    printf("Hello, World!\n");
    double y[2001];
    double k[4];
    double x;
    scanf("%lf",&amp;x);
    double h = 0.01;
    int count = x/h;
    printf("count=%d\n",count);
    y[0] = 1.0f;
    //オイラー法
    for(int i=0;i<count;i++){
        y[i+1] = y[i] + h*y[i];
        
    }
    printf("y=%f exp=%f dif = %f\n"
,y[count],exp(x),fabs(y[count]-exp(x)));
    
    //RK2
    for(int i=0;i<count;i++){
        y[i+1] = y[i] +  h * (y[i]*(1+0.5*h));
    }
    printf("y=%f exp=%f dif=%f\n"
,y[count],exp(x),fabs(y[count]-exp(x)));
   
    //RK4
    for(int i=0;i<count;i++){
        k[0] = h*y[i];
        k[1] = h*(y[i]+k[0]/2);
        k[2] = h*(y[i]+k[1]/2);
        k[3] = h*(y[i]+k[2]);
        y[i+1] = y[i] + ( k[0] + 2*k[1] + 2*k[2] + k[3])/6;
    }
    printf("y=%f exp=%f dif=%f\n"
,y[count],exp(x),fabs(y[count]-exp(x)));
    return 0;
}

仙石線駅探訪(1)〜野蒜駅〜

東松島市にある野蒜駅に行ってきました。

この駅を含む仙石線の区間は震災の影響で長い間動いていませんでしたが、2015年に高台に駅を移転して復活しました。以前の駅舎はファミリーマート併設の震災伝承館として使われており、駅のホームは当時のままになっています。

駅に着いてから南に行く方法をグーグルマップで見たところ、ルートがなく、北側から遠回りをして行くしかないと思っていたら、マップにはない地下のバイパスができていました。

目的の野蒜海岸までは震災伝承館を経由して行きました。

野蒜海岸は東北の伊豆とも呼ばれる綺麗な海岸ですが、震災によって、海水浴場は使えなくなっています。しかし、海岸に漂着したゴミは地道な清掃活動によって除かれ、今では以前のような綺麗な海岸に戻りつつあります。


海岸の風景を十分楽しんだので、再び歩いて野蒜駅まで帰りました。本当はレンタサイクルを使おうと思っていたのですが、駅前の観光案内所にはまだ配備されていないとのことだったので歩いていける範囲の散策になりました。次回の訪問時には自転車で宮戸島方面に行ってみたいと思います。